Los arrecifes de coral se enfrentan a riesgos naturales y antrópicas (provocados por el ser humano). Entre las causas provocadas por el ser humano y la más importante se encuentran: blanqueamiento del coral provocada por el cambio de de temperatura de los océanos, el turismo y el uso de bloqueadores solares.

Entre las causas naturales se encuentran: el pez león, el crecimiento desmedido de algas, tormentas, huracanes, tempestades tropicales, terremotos. La sensibilidad del coral lo pone en una situación vulnerable en cuanto a riesgos y peligros.